رنگ بارگذاری نمونه در ژل حاوی فرمالدهید Formaldehyde Load Dye (8550G Invitrogen)

2 دیدگاه برای رنگ بارگذاری نمونه در ژل حاوی فرمالدهید Formaldehyde Load Dye (8550G Invitrogen)

1. 

   امتیاز 4 از 5

   حسین – مرداد 3, 1404

   در مورد استفاده از EtBr برای RNA یک سوال داشتم: اگه به ژل اضافه بشه مشکلی ایجاد می‌کنه؟ چون انگار باعث تداخل با رنگ‌دهی می‌شه؟

   • 

     manashimi – مرداد 3, 1404

     وقتی از ژل آگارز حاوی فرمالدهید برای RNA استفاده می‌کنید، بهتر است اتییدیوم بروماید (EtBr) را مستقیماً به نمونه RNA یا محلول بارگذاری (loading dye) اضافه کنید، نه به خود ژل. دلیلش این است که فرمالدهید می‌تواند با EtBr واکنش داده و باعث ایجاد فلورسانس غیر اختصاصی شود که در نهایت، مشاهده دقیق باندهای RNA را دشوار می‌کند.

     برای مشاهده بهتر RNA در حین یا بعد از الکتروفورز، پیشنهاد می‌شود EtBr را به غلظت نهایی ۱۰ میکروگرم بر میلی‌لیتر به نمونه یا لودینگ بافر اضافه کنید. (طبق اون چیزی که در وبسایت اصلی محصول گفته شده) البته این کار ممکن است حدود ۵ تا ۱۰ درصد از حساسیت تست را کاهش دهد، اما مزیت آن این است که:

     می‌توانید سلامت و یکپارچگی RNA را همان موقع بررسی کنید.

     از درستی اجرای الکتروفورز مطمئن بشین.

     و می‌دونید که RNA به‌درستی منتقل شده است (در صورت بلات کردن).

     در مجموع، اضافه کردن EtBr به نمونه یا لودینگ بافر گزینه بهتری نسبت به اضافه کردن آن به ژل یا رنگ‌آمیزی پس از الکتروفورز در شرایط حاوی فرمالدهید است.

     اگر باز هم سوال یا تجربه‌ای در این زمینه دارید خوشحال میشیم به اشتراک بذارید.

2. 

   امتیاز 5 از 5

   میترا اکبری – مرداد 4, 1404

   سلام وقتتون بخیر
   چطور مطمئن بشم کل RNA از ژل به غشا منتقل شده و چیزی جا نمونده؟

   • 

     manashimi – مرداد 4, 1404

     سلام بعضی وقتا مشکل از اینه که جریان به‌درستی از ژل عبور نمی‌کنه (بهش می‌گن short-circuiting). یه راه ساده اینه که دور ژل رو با نوار

     پارافیلم

     (میتونید تو سایتمون ثبت سفارش کنید) بپوشونی تا جلوی نشت جریان رو بگیری.
     از طرفی، RNAهای بزرگ‌تر به خاطر اندازه‌شون ممکنه کامل منتقل نشن. بافرهای قلیایی مثل NorthernMax One-Hour Transfer Buffer کمک می‌کنن RNA کمی خرد بشه و حتی RNAهای درشت هم راحت‌تر منتقل بشن.
     برای اینکه مطمئن شی انتقال انجام شده، می‌تونی از اتیدیوم بروماید استفاده کنی و ژل رو بعد از انتقال زیر نور UV بررسی کنی.
     یه نکته خیلی مهم هم استفاده از مارکرهای RNA هست، چون دقیق نشون می‌دن که حتی RNAهای بزرگ هم منتقل شدن یا نه. مثلاً Millennium Marker از Invitrogen انتخاب خوبیه چون رنج کاملی از ۰.۵ تا ۹ کیلوباز رو پوشش می‌ده.